Efter ett lyckat diplomatiskt möte med en representant från Tak-Tak folket återvänder Neelix och Janeway till Voyager. Men något är (så
klart) fel, dom är inte där dom borde vara och svarar inte på anrop.Så dom rycker fram vapnen och dockar.
Datorn är offline, likaså kommunikations systemet. När dom undersöker vad som händer hör dom konstiga bi-liknande ljud, och dom ser något konstigt flyga iväg. Dom följer efter den till transporterrummet där den åkte rakt genom golvpanelen in i en Jeffries tub. Och helt plötsligt börjar alla system slås ut.
När dom tar hissen till bryggan blir dom anfallna av en... blobliknande manick med sugproppar, som Janeway naturligtvis skjuter men inte förrän den hinner attackera Neelix.
Dom går från hissen in i en Jeffreis tube, men Neelix får en hög feber och Janeway måste lämna honom där för att gå för att hämta en medikit. Men när hon kommer tillbaka är Neelix borta.
Då ger hon upp på idén att ta sig till bryggan och beger sig till engineering istället där hon transformeras till.... RIPLEY!
(seriöst, likheten mellan denna scen och hiss-scenen när Ripley drar för att rädda Newt i Aliens är ju slående!)
Hon drar av sig jackan och laddar upp med värsting gevären, granater, knivar, medikit och en tricorder och ger sig av att döda vad som än
tagit över hennes skepp. Hon drar först till bryggan för att skicka ut ett nödanropp och blir attackerad av en liten mygga som hon brutalt slår sönder till mikropartiklar.
Hon scannare sen efter livstecken och hittar två gäng samlade, en i holodeck och ett i mässen. Hon begeer sig till det sistnämnda där hon
hittar halva besättningen helt utslagna och infekterade av något som producerar dessa myggor.
Sen blir hon attackerad av en stor blobba igen som hon skickar direkt vidare till helvetet.
Då drar hon till sickbay eftersom hon har lite brutna revben. Doc berättar att Voyager har blivit infetkerade av ett macrovirus.
Strax efter Neelix och Janeway hade dragit mottog Voyager ett nödanrop från en gruvkoloni som drabbats av ett virus. Doc vill beama ner och bekämpa det där det är. Doc har ju studerat alla manualer så han rekomenderar att dom har en öppen kommunikationslina. Efter han beamar ner börjar han rapportera allt.
Lite för mycket, så han beordras hålla tyst. Han hittar en av gruvarbetarna som drabbats av någon infektion. Och hans körtlar producerar små myggor, och dessa små myggor är egentligen en stor version av viruset. Dom verkar attraheras till UV strålning. Doc vill beama upp ett exemplar, men icke. Doc vill sen beama upp en av dom överlevande för att rädda honom, men då dom inte vet något om detta virus får han inte det, så han beamar upp själv.
Nästan själv iallefall, han får med sig några små myggor i transportern. Han börjar jobba på ett botmedel, men rekomenderar en
flugsmälla mot myggorna. Viruset flydde från transporter systemet till replikator systemet och infekterar massa människor där. Doc lyckas ta fram ett vaccin mot dessa mördarbakterier, men han blir attackerad varje gång han försöker använda det.
Tillbaka till nutiden - Janeway har ju blivit infekterad så Doc får testa sitt botmedel på henne, som visar sig fungera. Så nu jobbar dom
för att distibuera detta över hela skeppet genom lifesupport systemet, som först måste repareras. Men det kirrar Janeway såklart.
Tyvärr blir dom attackerade av Tak-Tak-snubben som vill utrota viruset. Som en fin distraktion skickar Janeway iväg alla
macro-virus-blobbar till Holodecket där dom tror att dom får röja fritt. Men det vill inte Janeway inte så hon apterar ett virus-dödar-bomb som spränger skiten ur alla blobbar.
Under tiden kutar Doc omkring och ger vaccin till alla i besättningen, som repar sig fort.

Brannon Braga:
"Sometimes Star Trek can just be a little too high-and-mighty, talky, moralistic. Sometimes it's just time to have fun. The intention actually began, on my part, to do an episode with no dialogue. I wanted to just do a purely cinematic episode with Janeway and a bunch of weird creatures, these macroviruses, viruses as life-sized creatures. Unfortunately it was impossible to do, and I ended up having to put a couple of acts of dialogue in. I just wanted to do something that fel and looked and smelled differently than most shows. It was not an attempt to make Janeway look like Ripley."

Detta makrovirus var det första 100% CGI baserade rasen, men följs tätt av Species 8472. Ron Thornton från Foundation Imaging var mannen ansvarig för dess design, medan myggerna gjordes av Greg Rainoff på Digital Magic.
Michael Okuda fick det hedersfylda jobbet att göra viruset i mikroskopet.
Bragas kommentar om effekterna var "I thought they were cool; our effects are steadily getting better and better."
Dan Currys kommentar: "We retain our commitment to shooting motion-control miniatures, but the demands of the scripts are making it necessary to take more advantage of computer generated imagery"
"If you have something that calls for one ship flying by, you can shoot that motion-control, but if you have something calling for a hundred ships, we don't really have time to make it happen shooting models."
Moores kommentar om att jobba med CGI-effekter:
"When doing feature work, I might work on a shot for months. In TV, you're talking hours that you have to get it done. You budget these
things out, and it's all time. You're looking at about a thousand dollars an hour. Usually two or three hours is what you're supposed to
do, then I look at the shot and it's six hours or eight hours. The tension starts to get high. Luckily we do some the other way too, six hours and we do it in two, so it balances out a little bit."
Hur gjordes då explosionseffekten, som alla 3D grafiker vet är en mardröm!
Moore: "We filled [Dick] Brownfield's styrofoam mock-ups with goo, disgusting goo, and filled them all up with explosives. I had them hose down the blue screen so it was wet. Goo went everywhere."

Janeway: "We've got an uninvited guest."
Neelix: "And I don't think he's the dimplomatic kind."

Paris: "Actually I'm a pretty good cook, when engineering is doing it's job."
Torres: "Oh, so this is _my_ fault?"
Paris: "Well, the gelpacks are you're department, aren't they? Besides, what am I suppose to tell all these hungry, irritable people."
Torres: "You know what, I think there is a plasma relay on deck 7 that really needs repair."
Paris: "Oh no, you can't leave me now, Lieutenant"
Torres: "Oh you need me, I'm touched."

Paris: "I thought Klingons didn't get nausiated, you have a redudant stomach?"
Torres: "Well right now, they are both unhappy."

"One down, ten billion to go"
- Doc

"Who designed this ship anyway?"
- Doc
[detta citat får en speciell innebörd efter man sett "Galaxy Quest"]